Struktur organisasi MAN 2 Agam terdiri dari Kepala Madrasah, Wakil Kepala Madrasah bidang Akademik, Kesiswaan, Sarana Prasarana, dan Humas, serta Koordinator Tata Usaha, Wali Kelas, dan Guru Mata Pelajaran.
Komposisi Organisasi
- Kepala Madrasah: Dr. H. Syafruddin, M.Pd.
- Waka Akademik: Drs. Ahmad Zaki, M.Pd.
- Waka Kesiswaan: Budi Santoso, S.Pd.
- Waka Sarana Prasarana: Suryadi, S.Pd.
- Waka Humas: Rina Marlina, S.Pd.
- Kepala Tata Usaha: Yusuf Rahman, S.Pd.
- Kepala Perpustakaan: Sari Dewi, S.Sn.
